Агенција за јавне набавке своје надлежности црпи искључиво из члана 92. Закона о јавним набавкама. Основна улога Агенције је пружање техничке и савјетодавне помоћи уговорним органима и понуђачима како би се осигурала правилна и јединствена примјена Закона и пратећих подзаконских аката.

Чланом 92. став (3) Закона о јавним набавкама (у даљем тексту: Закон) утврђене су надлежности  Агенције. У складу са наведеном одредбом Закона, надлежности Агенције су:

а)   припрема и израда нацрта закона, нацрта измјена и допуна закона и пратећих подзаконских аката, у сврху обезбјеђења њихове дјелотворности и сврсисходности;

б)   унапређење информисаности уговорних органа и понуђача о прописима о јавним набавкама и њиховим циљевима, поступцима и методама;

ц)   објављивање приручника и упутстава, као и израда и ажурирање стандардних образаца и модела у складу с одредбама овог закона;

д)   пружање техничке помоћи и савјетодавних мишљења уговорним органима и понуђачима у вези са правилном примјеном овог закона и подзаконских аката;

е)   успостављање система праћења поступака које спроводе уговорни органи за набавку робе, услуга и радова, с циљем едукације и отклањања уочених неправилности у појединачним поступцима јавних набавки;

ф)  прикупљање података, вршење анализе и објава информација у вези са поступцима јавних набавки и додјељеним уговорима о јавним набавкама;

г)   развијање и успостављање електронских информационих система у области јавних набавки у Босни и Херцеговини;

х)   покретање, подржавање и стварање претпоставки за развој праксе електронских набавки и комуникација у области јавних набавки;

и)   организовање и одржавање обука за овлаштене предаваче и службенике за јавне набавке, објављивање информација у вези са обукама, те припрема приручника и других пратећих материјала за професионални развој у области јавних набавки у складу са подзаконским актом које доноси Савјет министара БиХ;

ј)    праћење рада овлаштених предавача и вођење евиденције о акредитованим предавачима из области јавних набавки и службеницима за јавне набавке;

к)   израда годишњих извјештаја за Савјет министара БиХ.

Агенција није овлаштена да излази из оквира регулативе јавних набавки. У том смислу, Агенција није надлежна за: 

Одлучивање о медицинским стандардима и признавање процента инвалидитета. 
Креирање секторских политика (нпр. здравствена политика) или доношење правилника којима се утврђују права на одређену врсту и квалитет помагала/опреме. 
Дефинисање конкретних потреба у поступку набавке спада у искључиву надлежност уговорног органа. То укључује: 

Утврђивање техничких спецификација у тендерској документацији. 
Захтјеве за специфичном генерацијом уређаја или роковима њихове замјене. 
Усклађивање набавки са расположивим финансијским средствима и стручним (медицинским) индикацијама.