Agencija za javne nabave svoje nadležnosti crpi isključivo iz članka 92. Zakona o javnim nabavama. Osnovna uloga Agencije je pružanje tehničke i savjetodavne pomoći ugovornim tijelima i ponuditeljima kako bi se osigurala pravilna i jedinstvena primjena Zakona i pratećih podzakonskih akata.

Člankom 92. stavak (3) Zakona o javnim nabavama (u daljnjem tekstu: Zakon) utvrđene su nadležnosti  Agencije. U skladu sa navedenom odredbom Zakona, nadležnosti Agencije su:

a)   priprema i izrada nacrta zakona, nacrta izmjena i dopuna zakona i pratećih podzakonskih akata, u svrhu osiguranja njihove djelotvornosti i svrhovitosti;

b)   unaprjeđenje informiranosti ugovornih tijela i ponuditelja o propisima o javnim nabavama i njihovim ciljevima, postupcima i metodama;

c)   objavljivanje priručnika i naputaka, kao i izrada i ažuriranje standardnih obrazaca i modela u skladu s odredbama ovog zakona;

d)   pružanje tehničke pomoći i savjetodavnih mišljenja ugovornim tijelima i ponuditeljima u vezi sa pravilnom primjenom ovog zakona i podzakonskih akata;

e)   uspostavljanje sustava praćenja postupaka koje provode ugovorna tijela za nabavu robe, usluga i radova, s ciljem edukacije i otklanjanja uočenih nepravilnosti u pojedinačnim postupcima javnih nabava;

f)  prikupljanje podataka, vršenje analize i objava informacija u vezi sa postupcima javnih nabava i dodjeljenim ugovorima o javnim nabavama;

g)   razvijanje i uspostavljanje elektroničkih informacijskih sustava u području javnih nabava u Bosni i Hercegovini;

h)   pokretanje, podržavanje i stvaranje pretpostavki za razvoj prakse elektroničkih nabava i komunikacija u području javnih nabava;

i)   organiziranje i održavanje obuka za ovlaštene predavače i službenike za javne nabave, objavljivanje informacija u vezi sa obukama, te priprema priručnika i drugih pratećih materijala za profesionalni razvoj u području javnih nabava u skladu sa podzakonskim aktom koje donosi Vijeće ministara BiH;

j)    praćenje rada ovlaštenih predavača i vođenje evidencije o akreditiranim predavačima iz područja javnih nabava i službenicima za javne nabave;

k)   izrada godišnjih izvješća za Vijeće ministara BiH.

Agencija nije ovlaštena da izlazi iz okvira regulative javnih nabava. U tom smislu, Agencija nije nadležna za: 

Odlučivanje o medicinskim standardima i priznavanje postotka invaliditeta. 
Kreiranje sektorskih politika (npr. zdravstvena politika) ili donošenje pravilnika kojima se utvrđuju prava na određenu vrstu i kvalitet pomagala/opreme. 
Definiranje konkretnih potreba u postupku nabave spada u isključivu nadležnost ugovornog tijela. To uključuje: 

Utvrđivanje tehničkih specifikacija u tenderskoj dokumentaciji. 
Zahtjeve za specifičnom generacijom uređaja ili rokovima njihove zamjene. 
Usklađivanje nabava sa raspoloživim financijskim sredstvima i stručnim (medicinskim) indikacijama.