Agencija za javne nabavke svoje nadležnosti crpi isključivo iz člana 92. Zakona o javnim nabavkama. Osnovna uloga Agencije je pružanje tehničke i savjetodavne pomoći ugovornim organima i ponuđačima kako bi se osigurala pravilna i jedinstvena primjena Zakona i pratećih podzakonskih akata. 

Članom 92. stav (3) Zakona o javnim nabavkama (u daljem tekstu: Zakon) utvrđene su nadležnosti Agencije. U skladu sa navedenom odredbom Zakona, nadležnosti Agencije su: 

a) priprema i izrada nacrta zakona, nacrta izmjena i dopuna zakona i pratećih podzakonskih akata, u svrhu obezbjeđenja njihove djelotvornosti i svrsishodnosti; 

b) unapređenje informisanosti ugovornih organa i ponuđača o propisima o javnim nabavkama i njihovim ciljevima, postupcima i metodama; 

c) objavljivanje priručnika i uputstava, kao i izrada i ažuriranje standardnih obrazaca i modela u skladu s odredbama ovog zakona; 

d) pružanje tehničke pomoći i savjetodavnih mišljenja ugovornim organima i ponuđačima u vezi sa pravilnom primjenom ovog zakona i podzakoniskih akata; 

e) uspostavljanje sistema praćenja postupaka koje sprovode ugovorni organi za nabavku robe, usluga i radova, s ciljem edukacije i otklanjanja uočenih nepravilnosti u pojedinačnim postupcima javnih nabavki; 

f) prikupljanje podataka, vršenje analize i objava informacija u vezi sa postupcima javnih nabavki i dodijeljenim ugovorima o javnim nabavkama; 

g) razvijanje i uspostavljanje elektronskih informacionih sistema u oblasti javnih nabavki u Bosni i Hercegovini; 

h) pokretanje, podržavanje i stvaranje pretpostavki za razvoj prakse elektronskih nabavki i komunikacija u oblasti javnih nabavki; 

i) organizovanje i održavanje obuka za ovlaštene predavače i službenike za javne nabavke, objavljivanje informacija u vezi sa obukama, te priprema priručnika i drugih pratećih materijala za profesionalni razvoj u oblasti javnih nabavki u skladu sa podzakonskim aktom koji donosi Savjet ministara BiH; 

j) praćenje rada ovlaštenih predavača i vođenje evidencije o akreditovanim predavačima iz oblasti javnih nabavki i službenicima za javne nabavke; 

k) izrada godišnjih izvještaja za Savjet ministara BiH. 

Agencija nije ovlaštena da izlazi iz okvira regulative javnih nabavki. U tom smislu, Agencija nije nadležna za: 

Odlučivanje o medicinskim standardima i priznavanje procenta invaliditeta. 
Kreiranje sektorskih politika (npr. zdravstvena politika) ili donošenje pravilnika kojima se utvrđuju prava na određenu vrstu i kvalitet pomagala/opreme. 
Definisanje konkretnih potreba u postupku nabavke spada u isključivu nadležnost ugovornog organa. To uključuje: 

Utvrđivanje tehničkih specifikacija u tenderskoj dokumentaciji. 
Zahtjeve za specifičnom generacijom uređaja ili rokovima njihove zamjene. 
Usklađivanje nabavki sa raspoloživim finansijskim sredstvima i stručnim (medicinskim) indikacijama.